FlexiCyte 模块的使用使得NC-3000可以对各种各样的哺乳动物细胞进行分析。通过内部的协议适应导向可以建立合适的协议，5种LED灯（如下所列）的任意组合，可以对对多达4种不同的生物标记进行测量。LED的波普范围涵盖从紫外到远红，通过与发射过滤装置的最佳配合，可以对不同的荧光标记进行探测。除了要选择最佳的LED组合和发射过滤装置外，曝光时间也需要根据具体的荧光团进行最佳化调整。由于软件采用高级算法，用户可以选择是否对聚合细胞进行分析，以及制定可分析最小细胞数。